医院十分重视科学研究，以建设"学院型医院"为发展目标，坚持科技兴院，不断加大科技投入、科技奖励，制定学科建设及人才培养系列管理办法、完善知识产权管理、规范继续医学教育，重点建设以国家级科技合作基地【干细胞与再生医学国际联合研究中心】、脊柱脊髓损伤再生修复教育部重点实验室为标志的科研创新平台。近年来，科研工作高速发展，承担国家重点研发计划（首席单位）、国家科技重大专项、"973"项目、"863"项目、国家杰出青年基金项目、国家自然科学基金重大、重点项目等国家高等级重点项目20余项，年度获批科研经费总额突破7000万元 。先后获得教育部创新团队、上海市重点学科（心血管内科）、获上海市重中之重学科（骨科、精神医学科）等建设计划；科研论文先后在《Science》、《Nature》、《Cell》等国际顶尖杂志上发表；取得国家自然科学二等奖、教育部科技进步一等奖、上海市科技进步一等奖、上海市医学科技奖一等奖等标志性成果；涌现出一批高层次中青年科技人才，其中有教育部长江学者特聘教授、上海市领军人才、上海市优秀学术带头人、上海市卫生系统领军人才、上海市卫计系统优秀学科带头人等优秀人才。